颈椎由于其特殊的部位而成为治疗的高风险区，外科手术中时有发生高位截瘫的病例。臭氧治疗颈椎间盘突出与腰椎间盘突出原理相同，采用前入路穿刺进针至颈椎间盘。由于颈前区结构复杂，有许多重要的组织，如颈总动脉，颈静脉、甲状腺、气管、喉返神经、食管等，穿刺过程中有可能损伤这些组织结构，出现严重的并发症。若穿刺过渡则会造成脊髓损伤，因此手术必须由经过专门训练的医生操作。        2002年6月南方医院开展了国内第一例颈椎间盘臭氧注射术，由欧洲臭氧学会主席意大利神经放射主席Marco完成。该例患者术前表现为颈肩痛及手指麻木，经2年的随访疗效满意，已完全康复，所有症状消失。目前南方医院已治疗20余例患者，有效率为71.4%。国外对于颈椎间盘突出的臭氧治疗尚未见大组病例报道，Albertini于2002年报道1例车祸外伤致急性颈椎间盘突出的患者，经盘内注射臭氧获得良好效果；Fabris于2003年报道采用颈椎旁肌肉注射臭氧治疗颈痛及颈僵直，有效率为87.5%；Moretti等对颈肩痛的患者风别采用椎旁注射O2-O3混合气体和抗炎药物（如可的松＋利多卡因等），发现注射O2-O3混合气体的患者疼痛缓解的情况显著优于注射抗炎药物的患者，由此认为O2-O3混合气体较抗炎药物具有更加确切的抗炎、镇痛作用。特别是O2-O3混合气体聚集在神经根管附近和硬膜前间隙内可以更加有效的缓解神经根管受压所致的疼痛。我们的经验认为，对于颈椎间盘突出程度较轻，根性症状为主，无明显脊髓受压萎缩及骨质增生的患者治疗效果较好，其中远期疗效亦很乐观。 
        除此之外，臭氧尚用于治疗关节痛、肩周炎、糖尿病溃疡、慢性溃疡性结肠炎及病毒性肝炎等。 
        在意大利发行的臭氧治疗专业杂志OSSIGENO-OZONOTERAPIA上，Brina和Villani报道一组肩关节囊及肌腱损伤疼痛的患者，采用超声导入下关节囊内注射臭氧，取得了良好的临床缓解率。Gjonovich等对肩关节囊损伤导致顽固性疼痛的患者（尤其是棘上损伤的）采用臭氧局部注射臭氧，结果67%的患者取得了疗效，这些患者不但疼痛得到了很好的控制，而且关节功能也得到了恢复。Sanseverino等报道1例对常规药物治疗无效的慢性溃疡性结肠炎的患者采用直肠灌注O2-O3混合气体，每周2～3次，连续6周，结果令人满意。随访2年，肠镜检查患者结肠完全恢复正常。南方医院亦有这方面成功的经验，从2002年起治疗腰大肌劳损、肩周炎及退行性关节炎30余例，疼痛缓解率达80%；1例下肢溃疡经连续2日4次臭氧吹注治疗后，溃疡面明显缩小；2例肠瘘患者经体外瘘管臭氧局部灌注5～7日后，瘘管逐渐愈合。 
        2000年，臭氧治疗病毒性肝炎在欧洲被批准应用于临床。在急性肝炎的研究中显示有较好的退黄、降酶等作用；采用每周3次臭氧自血疗法和直肠吹注疗法，持续8～24周。临床研究报告显示，8周后有效率达到91.6%，24周后达到95%。开罗大学Mawsouf报道在丙性肝炎治疗（60例）研究中，丙性肝炎病毒RNA（HCV  RNA）转阴率37%。初步临床应用提示臭氧疗法是安全、经济和高效的肝炎治疗方法。2004年9月20～22日，我国臭氧治疗肝病的学术会议在秦皇岛召开，随后有关的设备和技术被引进，目前已在北京、上海、广州、成都四城市的少数医院建立了臭氧治疗系统，并开始了临床治疗。南方医院肝病中心两例乙肝患者，接受自血疗法治疗一个月后体内病毒数量大幅减少，转氨酶降至正常，效果令人满意。 
        关于臭氧治疗病毒性肝炎的机理，大多数学者认为主要是通过以下三个方面起作用：一是臭氧及其活性代谢产物可诱导人体产生免疫细胞，消除肝炎病毒，此乃免疫杀伤作用；二是诱导人体产生多种细胞因子，如各种内源性干扰素、白细胞介素、肿瘤坏死因子、粒细胞因子和生长转化因子等，杀灭病毒感染细胞，同时促进病毒受染肝细胞的抗原性表达，使一些隐蔽性肝炎、耐药性肝炎和肝炎病毒携带者获得良好的治疗效果；三是臭氧具有保肝护肝作用，主要体现通过促进血红蛋白的携氧能力，以改善肝脏的供氧，同时激活肝脏的自由基消除系统，提高肝脏的抗氧化能力。这些方面的作用主要是通过自血疗法和直肠吹注术而实现。有报道显示，臭氧促进自由基消除的作用还被广泛应用于抗衰老及运动医学领域。